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하위 계통군
대표 말단
아
아포디다
Apodida
해삼류의 주요 현생 계통 가운데 하나로 관족이 퇴화하거나 없는 길쭉한 형태의 해삼들을 포함한다. 석회질 골격이 크게 감소했으며 몸벽에 미세한 골편이 남아 있는 경우가 많다. 얕은 바다부터 심해까지 다양한 해양 환경에서 생활한다.
엘
엘라시포디다
Elasipodida
주로 심해에 서식하는 해삼류 계통으로 독특한 몸 형태와 부속지를 가진 종들을 포함한다. 해저 표면의 퇴적물에 포함된 유기물을 섭취하는 종이 많다. 일부 종은 수영하거나 해저에서 떨어져 이동할 수 있도록 특수한 구조가 발달한다.
홀
홀로투리이다
Holothuriida
현생 해삼류의 주요 계통 가운데 하나로 Holothuria를 비롯한 여러 해삼을 포함한다. 몸은 길쭉하고 부드러우며 입 주변의 촉수를 이용하여 먹이를 섭취한다. 주로 해저에서 퇴적물이나 유기물을 먹으며 다양한 연안 및 열대 해양 환경에 분포한다.
페
페르시쿨리다
Persiculida
해삼류에서 구별되는 현생 계통 가운데 하나로 주로 심해성 종들을 포함한다. 형태 및 분자계통 연구를 통해 다른 해삼류와 구별되는 독립적인 계통으로 인식된다. 심해 해저 환경에서 퇴적물과 연관된 생활을 하는 종들이 알려져 있다.
덴
덴드로키로티다
Dendrochirotida
나뭇가지처럼 여러 갈래로 분지된 구강 촉수를 가진 해삼류 계통이다. 이 촉수를 펼쳐 물속의 부유 먹이 입자를 포획하는 여과섭식에 특화되어 있다. 암반이나 다른 단단한 기질에 몸을 고정하고 생활하는 종이 많다.
몰
몰파디다
Molpadida
몸 뒤쪽이 좁아져 꼬리처럼 보이는 형태를 가진 해삼류 계통이다. 주로 부드러운 해저 퇴적물 속에 몸을 묻고 생활하며 퇴적물을 섭취한다. 다양한 수심의 해양 퇴적 환경에서 발견된다.