Cephalochordata는 Chordata의 세 주요 현생 계통 가운데 하나로, Tunicata + Vertebrata로 이루어진 Olfactores의 자매군이다. 즉 현대 분자계통학에서는 두삭동물이 척추동물의 가장 가까운 현생 자매군이 아니며, 피낭동물이 척추동물과 더 가까운 관계를 가진다. Cephalochordata의 계통적 위치는 척삭·등쪽 신경관·인두열 등 척삭동물 공통조상의 형질과 척추동물 체제의 기원을 재구성하는 핵심 기준점이다.