Araneae는 Tetrapulmonata 내부에서 Pedipalpi(Amblypygi + Thelyphonida)의 자매군을 이루는 단일계통군으로, 두 계통이 함께 Tetrapulmonata를 구성한다. 내부적으로 Mesothelae와 Opisthothelae가 깊게 분기하며, Opisthothelae는 다시 Mygalomorphae와 Araneomorphae로 나뉜다. 이러한 계통구조는 방적기관, 독기관 및 호흡계 등 거미의 핵심 형질이 초기 Araneae 방산 과정에서 어떻게 분화했는지를 이해하는 기반이 된다.