Alloascoideomycetes는 Saccharomycotina 내부에서 분기하는 단일계통군으로, 현대 분자계통학에서는 전통적인 형태 기반 효모 분류와 독립적으로 인식된다. 계통적으로 Saccharomycotina의 주요 효모 방산과 가까운 초기 분기 계통 중 하나를 이루며, 정확한 자매군 관계는 분석과 표본에 따라 달라질 수 있다. 이 계통의 위치는 Saccharomycotina의 초기 분화와 효모형 생활사의 진화 과정을 재구성하는 데 중요하다.